多克隆抗体（polyclonal antibody, pAb）是通过对一种包含多种抗原决定簇的抗原进行免疫处理动物，以激发体内多个B细胞克隆产生的抗体。这些抗体针对多种抗原表位形成混合物，因此称为多克隆抗体。而单克隆抗体则是由单一B细胞克隆产生的，具有高度的均一性，仅针对特定的抗原表位，通常采用杂交瘤技术制备。该技术通过将具有特异性抗体分泌能力的B细胞与无限增殖的骨髓瘤细胞融合，形成B细胞杂交瘤，从而获得目标抗体。

一、单克隆抗体与多克隆抗体的优缺点

多克隆抗体的优点

1. 多克隆抗体有助于放大低表达水平的靶蛋白信号；
2. 能识别多个表位；
3. 更能容忍抗原中的微小变化；
4. 能识别与免疫原蛋白质具有高度同源性的蛋白，或从非免疫原物种的组织样品中筛选靶蛋白；
5. 通常是检测变性蛋白的首选；
6. 多表位通常可提供更强的检测能力。

多克隆抗体的缺点

1. 易产生批次间差异；
2. 可能生成大量非特异性抗体，导致某些应用中产生背景信号；
3. 不适用于探测抗原的特定结构域，因为抗血清通常识别多个结构域。

单克隆抗体的优点

1. 杂交瘤制得后成为恒定的再生源，所有批次相同；
2. 切片和细胞染色造成的背景较低；
3. 具有特异性，适用于分析测定中的一抗或检测组织中的抗原，且背景染色显著低；
4. 高同质性；
5. 单克隆抗体的特异性能使其高效结合混合物中的抗原。

单克隆抗体的缺点

1. 尽管可产生大量特异性抗体，但可能特异性过强；
2. 经化学处理后比多克隆抗体更易丢失表位，可通过使用同一抗原的多个单克隆抗体进行补偿。

二、抗体的选择

在需要高特异性的情况下，若抗体用量较大或需长期一致使用，并且应用广泛（如WB/IP/IF/ICC等），推荐选择单克隆抗体。相比之下，多克隆抗体在特异性和一致性方面存在较大局限，可能导致免疫检测中出现背景问题，如WB中杂带或IHC中的背景较深。尽管存在交叉反应的问题，但由于多克隆抗体识别多个抗原表位，实验结果相对不易受到影响。而如果免疫原难以制备，建议制备单克隆抗体。对于对抗体特异性要求不高的沉淀和凝集反应检测，或者只需进行ELISA检测时，可以选择多克隆抗体。

多克隆抗体的制备时间短、成本相对较低，适用于某些条件下的选择。此外，在相同条件下，多克隆抗体可提高检测灵敏度，更易于检出丰度较低的蛋白。

三、抗原的选择

抗原可选择天然蛋白、重组可溶蛋白、重组变性蛋白或多肽，抗原质量越高，最终制备高质量抗体的几率也越大。目前，大多数抗体制备采用重组蛋白或多肽作为抗原。通常情况下，重组蛋白作为抗原含有更多抗原决定簇，提供多个空间和线性表位，以有效激发机体免疫反应，增加获取广泛应用抗体的机会，特别是针对已知修饰或复杂结构的目的蛋白，更应优先选择重组蛋白。

当然，在某些情况下，可能需要使用多肽制备抗体，特别是针对同源家族特定蛋白时，需要合成具有特异性氨基酸的多肽，或在多肽合成阶段进行针对某些氨基酸的修饰以获得特定抗体。选择抗原多肽时，一般遵循以下基本原则：
1. 尽量选择位于蛋白表面；
2. 确保所选序列不形成α-helix；
3. N端和C端的肽段优于中间部分；
4. 避免选择内部重复或接近重复的序列；
5. 避免同源性过强的肽段；
6. 交联可在N端或C端进行，选择对抗体产生影响较小的一端；
7. 序列中不宜含有过多脯氨酸，但适量可以增强肽链结构的稳定性，有利于特异性抗体的生成。

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